RAPTOR

Cur síos

Is bogearraí nuálach é RAPTOR atá deartha chun tuar cruinn a dhéanamh ar struchtúr próitéine. Comhcheanglaíonn sé uirlisí anailíse chun cinn i dtuaslagán bogearraí comhtháite amháin agus soláthraíonn sé trí mhodh snáithe éagsúla. Is é an cur chuige optamaithe ríomhchláraithe slánuimhir uathúil atá ag RAPTOR is éifeachtaí chun teimpléid struchtúir de spriocanna a bhfuil homalógacht seicheamh íseal acu a fháil agus tá sé in ann samhlacha ardchaighdeáin a ghiniúint. Tá an comhéadan atá éasca le húsáid agus luachanna E atá furasta a thuiscint oiriúnach do thosaitheoirí agus do shaineolaithe. Thar aon rud eile, cuireann taispeáint iomasach an aschuir ar chumas úsáideoirí na torthaí a thuiscint go simplí. Má thugtar seicheamh próitéine sprice duit, má tá próitéin homalógach ann le struchtúr 3D ar a dtugtar, is féidir é a fháil trí uirlisí cuardaigh seicheamh mar PSI-BLAST a úsáid, a chuirtear ar fáil freisin i RAPTOR. Tógtar struchtúr an sprioc ansin ón struchtúr aitheanta; áfach, nuair nach bhfuil an homology seicheamh suntasach, i.e. níos lú ná 25%, ní féidir le PSI-BLAST buille muiníneach a chruthú. Murab ionann agus PSI-BLAST, nach ndéanann ach cuardach seicheamh, úsáideann snáitheáil próitéine, aithint fillte, faisnéis homology agus struchtúir araon. Scanann sé an t-ord próitéine le struchtúr anaithnid i gcoinne bunachar sonraí de struchtúir aitheanta. Trí fheidhm scórála a úsáid agus anailís chomhoiriúnachta a dhéanamh idir struchtúir tríthoiseacha agus seichimh líneacha próitéine, sainaithneofar an teimpléad struchtúrach is fearr chun struchtúr na seicheamh a thógáil. Mar thoradh air sin, tugann snáitheáil próitéine tuar níos fearr ná samhaltú homology nuair a bhíonn homology seicheamh imeallach ann.